1951年政务院正式批准在卫生部下建立针灸疗法实验所，下设门诊部，广泛开展针灸医疗并培训针灸人才。

1955年中国中医研究院成立，经中央文委批准，针灸疗法实验所改名为中医研究院针灸研究所，设有五个针灸治疗室、X光室、化验室以及生理、生化解剖等基础研究室。

1983年，针灸研究所被确定为世界卫生组织传统医学（针灸）合作中心，门诊开展了以针灸为主治疗神经循环运动消化呼吸内分泌泌尿生殖系统以及疼痛性和疑难杂症，均取得良好效果，受到患者好评。

2003年针灸研究所门诊部通过加强内涵建设，提高服务质量，实现了计算机联网管理，年底，被评为北京市医保定点单位，使服务质量和门诊量得到了进一步提高。

2005年11月中国中医研究院更名为中国中医科学院，同时决定将针灸研究所门诊部变更为“中国中医科学院针灸医院”，并由上级卫生主管部门颁发了中国中医科学院针灸医院执业许可证。

中国中医科学院针灸医院是以针灸为主的综合性医疗机构，科室设施较全，拥有一支高年资、高水平的临床队伍，开设了内、外、妇、儿、皮肤、五官、口腔、肿瘤、骨伤、按摩以及中医、针灸等20多个临床科室，共有医务人员百余名，在针灸治疗各种疼痛性疾病、冠心病心绞痛、高血压、缺血性血管病、胃下垂、良性甲状腺结节、单纯性面神经麻痹、肩关节周围炎、颈椎病、中心性视肉膜脉络膜病变以及针灸养生保健、抗疲劳、抗衰老等方面均取得了较好的效果。