2001年，为配套厦门经济特区建设，着力打造厦门市优势医疗品牌学科，厦门市委市政府会同海外华侨及国际知名学者，成立厦门市心脏中心。 2011年，作为公立医院改革试点，相对独立，成为全国公立医院中首家人事、财务独立运作管理的医学中心。 2014年，市委市政府正式决定中心全面独立，在五缘湾畔建设新址。